Ihmis- ja eläinlääkkeissä Orionin asiakkaita Suomessa ovat lääkärit, osa sairaalalääkäreistä, sairaalat ja klinikat, apteekit ja apteekkien henkilökunta sekä kuluttajat. Muissa maissa Orionin asiakkaina ovat usein kapeammat erikoislääkäriryhmät, sairaaloiden osto-organisaatiot sekä apteekit.

Asiakastyö lääkärien kanssa on monipuolista lääkkeisiin ja niiden käyttöön kohdistuvaa tiedonvälitys-  ja täydennyskoulutustoimintaa. Lääkkeitä koskevassa viestinnässään Orion noudattaa lääkealan tiukkoja markkinoinnin ja myynnin eettisiä ohjeita ja käytäntöjä.

Orionin asiakkaita ovat myös ne lääkeyhtiöt, joille Orion tekee lääkkeitä sopimusvalmistajana tai jotka ostavat  Orionin Fermion-yksiköltä lääkeaineita tai niiden kehitys- ja valmistuspalveluja.

Diagnostiikkatuotteiden asiakkaita ovat esimerkiksi sairaalat, terveyskeskukset, terveysasemat, laboratoriot, klinikat, muut alan yritykset sekä elintarvike-, prosessi- ja konepajateollisuus. Orionin asiakkaita ovat myös eräät kansainväliset diagnostiikkayhtiöt, joille Orion Diagnostica tekee diagnostiikkatuotteiden sopimusvalmistusta.