Orionin konsernirakenteen kenties radikaalein muokkaus tapahtui kesällä 2006, jolloin lääkkeiden ja terveydenhuollon tukkukauppa erkaantui kokonaan erilleen Orionin liiketoiminnasta järjestelyssä, jossa silloinen Orion jakautui kahdeksi täysin uudeksi yhtiöksi 1.7.2006. Jakautumisessa syntyi nykyinen Orion Oyj, joka muodostettiin jakautuneen Orionin lääke- ja diagnostiikkaliiketoiminnoista, sekä Oriola-KD Oyj, joka muodostettiin jakautuneen Orionin Tukkukaupparyhmästä.  

Jakautumisessa perustettu ja pörssiin listattu uusi Orion keskittyy puhtaasti lääkkeiden valmistukseen ja diagnostisiin testeihin. Näin Orion palasi juurilleen. Yhtiön pitkän historian aikana sekä tuotteistossa että konsernirakenteessa on ollut monenlaista, terveydenhuollolle täysin vierastakin toimintaa, mutta toiminnan ytimenä ovat aina olleet lääkkeet.

Nykyinen Orion Oyj ja Oriola-KD Oyj, jatkavat jakautuneen Orionin liiketoimintoja omilla toimialoillaan takanaan lähes 90-vuotinen historia ja sen myötään tuoma kokemus ja perusta toiminnan kehittämiselle eteenpäin. Ne saivat vahvan taloudellisen perinnön vanhalta Orionilta, joka teki viimeisenä toimintavuotenaan 89-vuotisen historiansa kaikkien aikojen parhaan taloudellisen tuloksen.

Uudet yhtiöt rekisteröitiin kaupparekisteriin 1.7.2006. Samalla vanha Orion purkautui ja 30.6.2006 myös sen osakkeiden noteeraus Helsingin Pörssissä päättyi. Molemmat uudet yhtiöt listattiin Helsingin Pörssiin uusina yhtiöinä 3.7.2006.